Rõ ràng 1 số chap sau từ 500 trở lên có 1 số điểm không đồng nhất trong suy luận của tác giả :
+Thứ nhất : Về sự ngây ngô quá đáng của Nar
Việc Nar có thể cảm nhận được chakra của Kisame ngay cả những những Ninja cảm nhận cũng không thể làm được, và việc Nar không biết 1 chút chuyện gì về tình hình trên đảo rùa. 2 sự việc này mâu thuẫn.
+Thứ 2: Về cấm thuật phục sinh của Kabuto và con mắt Rinnegan
Rõ ràng sau khi được phục sinh, theo lý thuyết của Kabuto đặt ra, như vậy đôi mắt bị lấy sau khi chết, chứ không bị lấy trước khi chết, như vậy Nagato có thể sử dụng HKGH nhưng ngẫm lại câu nói của Tobi mắt đó là của nó như vậy thì Nagato đâu có HKGH, mà HKGH lại là "những khả năng được di truyền trong một bộ tộc nhất định". Điểm này không hợp lý tý nào, phải chăng mắt Nagato cũng là mắt ghép ?
+Thứ 3:Sasori đã tự biến mình thành con rối, DNA của nó chắc ở trong cái hộp trước ngực, nhưng mà cái hộp đó nhão nhoẹt khi đánh với bà Chiyo và Sakura rồi. Vậy thằng kabuto lấy DNA của nó hồi nào?
+Thứ 4 : Việc Sora biến thành dạng cửu vĩ - Nar cảm nhận được luồng chakra đó, như vậy sau cháp 528 -> Kinkaku biến thành dạng cửu vĩ mà Nar không cảm nhận được -> sẽ có thêm 1 tình tiết mâu thuẫn và không hợp lý nữa ( chờ )